През тридесетте години сталинисткото ръководство извършва масова чистка на командния състав на Червената армия. За този период се пише много, репресиите срещу партийни лидери и военни ръководители дори дълго време се смятаха за основна причина за поредицата от поражения в началния период на войната.
Генерал Горбатов прекарва почти две години и половина в лагерите, от октомври 1938 г. до март 1941 г. Причината за ареста е смелостта, проявена в спор със следователите на НКВД, които обвиниха приятеля му в държавна измяна. Командирът на бригадата, заместник-командир на 6-ти кавалерийски корпус, е лишен от всички правителствени награди и е превърнат в лишен от права роб на ГУЛАГ, който заема ниво под престъпниците в йерархията на затвора. Крадци и убийци се подиграваха на почетния орденоносец, като не забравяха да му напомнят как се отнася към него държавата, която той беше призован да защитава.
Можеше да бъде застрелян, но по някаква причина не го направиха. Очевидно най-смелите и талантливи командири бяха държани в резерв. Те го принудиха да страда, но не убиха Рокосовски. Генерал Горбатов също отпи.
Той оцеля иточно преди войната е освободен и възстановен на работа. Наближаваше времето на тежки изпитания. През юни 1941 г. стойността на компетентните и смели командири се оказва по-висока от доносниците и лакеите.
Генерал Горбатов запази най-добрите си човешки качества, Колима не го пречупи. След като премина през всички етапи на военната кариера, като се започне от частния, той оцени войника и се опита да се бие по такъв начин, че трябва да изпрати възможно най-малко погребения. Не беше лесно, трябваше да се карам често. Как биха могли да приключат възраженията срещу властите, командирът знаеше твърде добре.
По време на боевете при Северен Донец, един от тези спорове доведе до отстраняване от длъжност. Отказът да се изпълни безсмислена заповед можеше да доведе до по-трагични последици, но битката при Курск започна и генерал Горбатов отново беше необходим.
Когато стана дума за поемане на инициатива и отговорност, този командир не се поколеба. Решенията му бяха правилни, той действаше решително, без да се страхува от гнева на началниците си.
През 1944 г. делегация от тилови работници, донецки миньори, посети действащата армия. Те разказаха на командването за трудностите, възникнали в освободените територии, както и че пълноценният въгледобив е възпрепятстван от липсата на дървесина. Генерал Александър Горбатов дава заповед за изпращане на влак от безстопанствени трупи в тила от Полша. Последиците от този акт можеха да бъдат най-тъжни, но тогава самият И. В. Сталин се застъпи за решаващия командир. Той разбра резултатите от разследването и затвори делото, като се намеситова: „Humpback Grave ще поправи…“
Хората, които са служили под този прекрасен командир, бяха заразени от неговата прямота и честност. Възрастен медицински работник, назначен към генерала, за да лекува гръбначния му мозък, наранен по време на работа в лагера, призна, че е била длъжна да докладва за всички разговори на командира на 3-та армия. Случи се неприятно обяснение със самия върховен главнокомандващ, след което прекалено ревностният спецофицер, набирач на информатори, отиде на фронтовата линия.
През април 1945 г. генерал Горбатов повежда армията си към самия Берлин. Биография без украса е изложена в книгата му „Години и войни. Записки на командира”, написани след войната. Животът се оказа труден, но честен, каквато трябва да бъде съдбата на руски войник.
