В „бездържавното” време след смъртта на Иван Грозни, с болния и слаб Фьодор, болярите започват открита борба за власт. Най-силният от тях беше бившият опричник Годунов. След смъртта на Теодор патриарх Йов събира земски събор за избор на нов суверен. В тази катедрала се събраха Съветът на патриарха, Болярската дума и служители и представители на търговското и промишленото население на Москва. Най-вероятните кандидати бяха двама души: царският зет Борис Фьодорович Годунов и братовчедът на цар Фьодор, най-големият син на Никита Романович - Фьодор Никитич Романов.
Годините на управлението на Борис Годунов идват в труден момент в историята на руската държава. Това е периодът от 1598 до 1605 г. Всъщност бъдещият цар беше на власт още при болния син на Иван Грозни, Фьодор.
Управлението на Борис Годунов започва двусмислено. През февруари 1598 г. Съборът предлага престола на Борис, но той отказва. За да се съгласи, беше организирано шествие до Девическия манастир, където Борис беше отседнал със сестра си. Бъдещият крал бил принуден да се съгласи да се възкачи на трона. Така изборът на Годунов беше популярен. Въпреки това, в същото времеСмятало се, че той тайно прибягва до заплахи и подкупи, за да постигне това.
Борис беше женен за кралството едва на 1 септември, убеден в силата на народните избори. Царуването на Борис Годунов по цялата си дължина се отличава с изключителна предпазливост. Той се страхуваше от опити за властта му, елиминираше всички подозрителни към него боляри. Истинският му съперник беше само Федор Никитич Романов, в резултат на което всички Романови бяха изправени пред съда по обвинение в заговор срещу суверена. Болярите не харесват царя, смятайки го за наследник на Грозния с преследването на благородството.
Управлението на Борис Годунов е продължение на политиката на Фьодор или по-скоро това, което Годунов прави при него. С всички средства той се стреми да възстанови благосъстоянието на хората, нарушено в ерата на Грозни. Във външната политика той се стреми да избягва сблъсъци, да се въздържа от нови войни. Грижеше се за укрепването на справедливостта, искаше да бъде добър суверен за народа. Той наистина даде много облаги на обикновените хора. Три години подред, от 1601 г., е имало провал на реколтата, което е довело до масови смъртни случаи от глад. Борис организира безплатно раздаване на хляб на гладните от царската хазна, започна големи сгради в столицата, за да дава на хората доходи.
Управлението на Борис Годунов беше съпроводено с глад, грабеж, но това не беше негова вина. Това обаче допринесе за нарастването на недоволството от краля. Гладът е последван от второ нещастие - народно въстание за самопровъзгласилия се царевич Дмитрий. По време на тази борба БорисГодунов умира неочаквано (1605 г.).
Годунов отдава голямо значение на европейското образование. Царят общуваше с чуждестранни специалисти в областта на технологиите и медицината, охотно ги отвеждаше на публична служба. Той изпраща млади хора в чужди страни, планира да организира московски училища по чужд начин. Сформира военен отряд от германци по чужд модел. При Годунов московското правителство очевидно беше привлечено от по-тесни контакти с просветения Запад и усвояване на европейското знание.
Така че управлението на Борис Годунов е описано накратко от повечето историци. Мнозина се съмняват колко законно е получил властта, вярвайки, че делото на ръцете му е убийството на най-малкия син на Грозния, царевич Дмитрий, в Углич.
